使っていないレイヤーは入稿前には削除しておきましょう。
レイヤーを統合してもいいですね。
下記のように表裏を共用するような事は間違いの原因になりやすいです。 制作途中は便利に使えると思いますが、入稿の際は別ファイルにした方がよいでしょう。自分は分かっていても他人は分からないものです。